Zoologi havde fra læreanstaltens oprettelse været på skemaet for retningen Anvendt naturvidenskab (senere kemi). Man anså nemlig zoologi, som en central brik i forståelse af naturvidenskaben.
I Danmark var man i gang med planerne om at skabe en Naturhistorisk læreanstalt, under Det kgl. Naturhistoriske museum. Man besluttede at oprette en inspektørstilling ved museet, som foruden arbejdet ved museet, skulle afholde offentlige forelæsninger om zoologi.
Reinhardt blev udnævnt til at bestride denne stilling og i 1811 overtog han også undervisningen i zoologi for universitetet.
Efter oprettelsen af Den Polytekniske Læreanstalt i 1829 var det derfor oplagt at Reinhardt også fik undervisning her.
Ifølge lektionskataloget fra 1830 havde de studerende 3 ugentlige timer. Senere fik faget også tilført øvelsestimer. De følgende år var det følgende professorer, som varetog undervisningen i zoologi ved læreanstalten:
Johannes Japetus Smith Steenstrup: 1846 – 1856
Johannes Theodor Reinhardt (søn af Johannes): 1856 – 1878
Christian Frederik Lütken: 1878 – 1886
Frederik Estrup Jungersen: 1886 - 1901
Som lærebog brugte man indtil starten af 1900-tallet Lütkens bog ”Dyreriget” fra 1855. Denne tog udgangspunkt i Cuviers systematiske opfattelse af dyreriget, hvor mennesket, som en særlig pattedyrorden Bimana (to-hændede), var først i hierarkiet. Ifølge Lütken tilhørte andenpladsen aberne. Til trods for Darwins teorier vandt indpas i Lütkens tid, var han afvisende over for dem.
Zoologi udgik som fag i 1901 af læreanstaltens undervisningspensum og erstattet af et såkaldt øvelseskursus i mikroskopi og kulturforsøg for fabriksingeniører (senere kemi) Idet man havde fundet det uforsvarligt ikke at gøre de bekendt med de vigtigste Metoder i den nyere Gæringsteknik.