Den tyske besættelse af Danmark den 9. april 1940 påvirkede ikke synderligt Den Polytekniske Læreanstalts virke som undervisnings- og forskningsinstitution. Der blev skrevet 18 doktorafhandlinger i krigsperioden, og nye laboratorier og enheder blev oprettet, for eksempel Dansk Svejsecentral (1940), Lydteknisk Laboratorium (1941), Danmarks Tekniske Bibliotek (1942), Laboratoriet for Levnedsmiddelkonservering (1944) samt Dansk Tekstilforskningsinstitut (1944). Men efter den 19. september 1944, hvor tyskerne arresterede storbyernes politikorps, ophørte mange studerende med at komme på Læreanstalten, og undervisningen blev i mange tilfælde gennemført privat ved professorerne.

Krigen fik også indvirkning på andre måder. Der havde i lang tid været brug for at udvide Læreanstalten for at gøre plads til de mange studerende. I 1929 var man begyndt at etablere nye bygninger i Østervoldgade. Disse var ikke færdige, og besættelsen satte med tiden en stopper for udvidelsen på grund af materialemangel og manglende økonomi. Den nye bygning kunne derfor først indvies i forbindelse med 125-års-jubilæet i 1954.

Der var, som for resten af den danske befolknings vedkomende, både polyteknikere, der kollaborerede med tyskerne, og dem, der modarbejdede tyskerne. Blandt andet har historikeren Steen Andersen påpeget, at de danske ingeniører både kan ses som 'hvide', 'grå' og 'sorte'. En stor del af de studerende var med i modstandsbevægelsen og brugte blandt andet deres færdigheder til våbenproduktion og til at fremstille radiokommunikationsudstyr. Polytekniker Bataljonen talte hele 450 medlemmer.

Læs mere:

Henrik Dam får Nobelprisen

Andersen, Steen, "De gjorde Danmark større … Danske entreprenører i krise og krig 1919-1947." Lindhardt og Ringhof, 2005.