Undervisningen i havnebygning og fundering var blevet oprettet i 1928, i forbindelse med opdeling af Vandbygningsfagene (start 1857) i hhv. Praktisk Hydrodynamik, Indre Vandveje samt Vanding og Afvanding på Laboratoriet for hydraulik under Professor Munch-Petersen og Havnebygning og Fundering på Laboratoriet for havnebygning og fundering under professor G. L. Schönweller.
Som eksempel på Schönwellers bedrifter, så iværksatte han et omfattende forsøgsarbejde, i forbindelse med bygningen af flere havneanlæg ved Vestkysten. Forsøgene blev først udført på et interimistisk laboratorium bag Militærhospitalet i Rigensgade og fra 1938 i det permanente laboratorium, som var blevet indrettet på Den polytekniske læreanstalt i Østervoldgade.
I forbindelse med færdiggørelsen af laboratoriet indkøbte man også udstyr til udførelse af geotekniske undersøgelser. I starten lavede man kun egne undersøgelser, men hurtigt voksede efterspørgslen fra udefrakommende. Man besluttede derfor at oprette en særlig institution, Geoteknisk Institut, under Akademiet for de tekniske Videnskaber, som kunne varetage disse opgaver.
Efter Schönwellers afgang i 1946 blev professoratet først besat igen fra 1950 af professor H. Lundgren. I 1955 blev afdelingen delt i hhv. Laboratoriet for havnebygning og Laboratoriet for fundering. I 1971 sluttede Laboratoriet for havnebygning sig sammen med Laboratoriet for hydraulik i Institut for strømningsmekanik og vandbygning.