Den tyske besættelse af Danmark den 9. april 1940 påvirkede først sent Læreanstaltens virke som undervisnings- og forskningsinstitution.
Der blev fortsat skrevet doktorafhandlinger, og nye laboratorier dukkede op. Men efter tyskernes arrestation af politiet i 1944 holdt mange studerende op med at komme på Læreanstalten, og undervisningen blev ofte gennemført privat hjemme hos professorerne.
En del studerende var med i modstandsbevægelsen og brugte blandt andet deres færdigheder til våbenproduktion. Polytekniker Bataljonen talte 450 medlemmer.
Læs mere om perioden 1940-1945